台湾当局领导人马英九6日上午在台北宾馆会见了海协会会长陈云林及协商代表团主要成员、海基会董事长江丙坤等海基会人员。整场接见采取公开方式举行，短短5分钟即完成。马英九称陈云林为“陈会长”，陈云林则用“您”称呼马英九。

　　国民党主席吴伯雄5日晚在台北晶华饭店宴请陈云林一行，遭民进党率众包围滋事，引发暴力冲突，马英九昨天上午召开记者会出面谴责暴力。马英九表示，由于5日晚的冲突事件，他决定把原定6日下午4时30分举行的马陈会提前到上午举行。

　　会见于上午11时举行。马英九在致辞中说，两会此次协商签署了空运直航、海运直航、邮政合作和食品安全四项协议，并且深入地讨论了两岸金融合作的议题，对于便利两岸人民的往来，促进双方经贸的交流，强化食品卫生的安全，抵御国际金融风暴，都有积极而正面的作用，成果非常丰硕。 

　　他说，江董事长和陈会长是第一次在台湾会面，意义非常重大，象征着两岸关系又向前跨进了一大步。相信这样的发展不仅符合两岸人民的期望，也对两岸的稳定和繁荣作出贡献。希望未来两岸还有更多高层的互访，海协会与海基会未来也再接再厉，为增进两岸人民的福祉作出更大的贡献。

　　宾主双方在亲切友好的气氛中，互赠了礼品。马英九赠给陈云林的礼品是台湾少数民族达悟人独木舟造型的著名莺歌陶作，象征“两岸三通、春暖花开、前景光明”。陈云林回赠给马英九的是著名画家韩美林的画作《骏马图》。